Oblast dnešního městečka byla osídlena již v dobách mladší doby kamenné. Vypovídají o tom archeologické nálezy objevené na zdejším katastru. Další vykopávky dokládají místní osídlení ve starší době železné. Z historických etnik zdejším krajem prošli Keltové, po nich Germáni a nakonec se v něm usadili Slované. Kdy přesně byly Horní Kounice založeny, se již dnes přes propast mnoha staletí asi nedozvíme. Dá se však předpokládat, že se již na přelomu 11. a 12. století v místech dnešní obce zrodila menší osada slovanských zemědělců. Její název „Kounice“ vznikl příponou –ice k osobnímu jménu Kúna, které je domácí zkratkou německého jména Konrád. Jednalo se tedy o ves lidí Kunových, Konrádových. Rovněž můžeme předpokládat, že někdy v prvních desetiletích 13. století daroval některý z Přemyslovců Horní Kounice johanitskému řádu, který byl v panovníkově přízni.
        První dochovaná písemná zmínka o městečku pochází z roku 1248. Tato listina zde uvádí i johanitskou komendu. Johanité tu, coby pozemková vrchnost, uzavírali s kolonisty smlouvu o dědičném nájmu půdy. Osadníci se pak zavazovali odvádět každoročně přesně stanovenou částku v penězích, doplněnou obvykle menšími naturálními dávkami. V Horních Kounicích vznikla poměrně pravidelná obdélná náves s podélně řazenými usedlostmi, kostelem a komendou při severozápadním okraji. Johanité zde také začali budovat svatyni, kostel sv. Michala. Jednalo se nejspíše o plochostropou stavbu bez věže, která je dnes dochována v úrovní zdí západní části kostela.
        Johanité se snažili zdejší panství pozvednout. Jejich snahy se zúročily roku 1318, kdy král Jan Lucemburský vydal pro Horní Kounice významné privilegium, kterým obec ustanovil městečkem s právem trhu v úterý každého týdne. Krátce poté pak zřejmě došlo také k rozšíření zdejšího kostela východním směrem. V této době daroval preserský farář Mikuláš kounickým johanitům vinohradní čtvrť ve Džbánicích, dvě čtvrtě v Petrovicích a jeden lán polí u Stařečic.
        K roku 1328 vystupuje jako komtur v Horních Kounicích Lev, s největší pravděpodobností příslušník bohatého kutnohorského rodu Pirknerů a blízký příbuzný Bertolda Picknera, budoucího držitele hradu Templštejn. Jako další komtur je v městečku k roku 1349 uváděn Mikuláš z Wildungsmauer. Na počátku 15. století zažívala Morava neklidné časy. Zem se zmítala ve válkách markrabat Jošta a Prokopa, zchudlé šlechtické rody se neustále střetávaly ve vojenských potyčkách, lid byl sužován i řáděním řady loupežnických družin. Ve zdejším kraji se pohybovala a loupila banda, v jejíž čele stál příslušník zchudlého panského rodu Hašek z Vladštejna. V seznamu členů této skupiny se podle dobových hrdelních zápisů objevují také Petr a Chodar z Kounic.
        Někdy v první čtvrtině 15. století se statku johanitské komendy v Horních Kounicích zmocnil Jan Jevišovický z Kunštátu. Mohlo se přitom jednat jak o násilné uchvácení městečka, tak i o legální zástavní držbu. Páni z Kunštátu se pak během první poloviny 15. století na tvrzi v Horních Kounicích zabydleli. Aby zde posílili ekonomickou prosperitu, začali v městečku vařit pivo, kterým zásobovali celé okolí. Během 15. století Horní Kounice prošly bouřlivým obdobím husitských válek. Na jaře roku 1468, kdy se schylovalo k válce českého krále Jiříka z Poděbrad s uherským Matyášem Korvínem, stál tehdejší držitel Horních Kounic Boček Suchý čert z Kunštátu i se svým synovcem Janem Bočkem na straně českého krále. Katolické Znojmo však uznalo za svého pána Matyáše Korvína, na počátku května tak vtrhly oddíly znojemské hotovosti i žoldnéřů k Horním Kounicím a oblehly zdejší tvrz. Z některých dochovaných záznamů se dá soudit, že tvrz v první polovině července padla.
        Král Matyáš po těchto událostech Znojmu daroval statky Bočka Suchého čerta i jeho synovce. Nakonec se však Horních Kounic opět ujal Boček z Kunštátu. V královských listinách z této doby se o Kounicích hovoří opět jako o vesnici, to ukazuje na pokles významu Kounic v neklidných dobách první poloviny 15. století. Na přelomu 15. a 16. století na Horních Kounicích vázly tak vysoké zástavní částky, že je již nemělo smysl vyplácet a král Vladislav Jagellonský tak statek postoupil do dědičného držení Janu z Veitmile. Tím byla učiněna definitivní tečka za nároky johanitského řádu na toto zboží.
        Ke zdejšímu majetku patřila vedle samotného městečko se dvorem také tvrz, kostelní podací a mlýn. Pravděpodobně v průběhu 15. století k místnímu kostelu přibyla také věž. V roce 1506 nechal Jan z Veitmile zdejší panství zapsat své švagrové Anně z Kamenné Hory. Ta jej pak roku 1517 převedla Šebestiánovi z Veitmile na Chomutově, který Horní Kounice vzápětí přepsal Janovi z Petrovce. Po Janově smrti městečko zdědil jeho nejstarší syn Jiřík a po něm majetek spravovali jeho mladší bratři, až se vše dostalo do rukou Jindřicha Višňovského z Petrovce. Roku 1552 bylo Horním Kounicím králem Ferdinandem I. uděleno významné privilegium, kterým jednak potvrdil výsady privilegia předchozího, uděleného Janem Lucemburským, navíc městečku ještě udělil pečeť. Na pečeti je zobrazen jezdec v brnění na koni s mečem napřahující se k ráně, kůň přitom šlape po sani.
        Horní Kounice zdědila po Jindřichu Višňovském z Petrovce jeho dcera Anýška. Po ní majetek přešel na Jindřicha Březnického z Náchoda. V držení jeho rodu pak městečko zůstalo několik desetiletí. V průběhu 16. století byla zdejší fara osazována luteránskými kněžími. Jindřichův syn Jiří Březnický z Náchoda působil společně s Albrechtem z Valdštejna ve službách moravských stavů jako plukovník, na jaře roku 1619, když se Morava rozhodovala, zda se připojit ke stavovskému povstání, se však rozhodl přejít i s celým plukem na císařskou stranu. Důstojníci mu však tento pokus zmařili a Náchod musel uprchnout do Vídně, kde mu císař sice udělil hraběcí titul, moravští stavové ho ovšem prohlásili za psance a zkonfiskovali jeho majetek.
        Jiří z Náchoda se na Moravu po necelém roce vrátil, získal odpuštění stavů a dostal se dokonce do okolí „zimního krále“ Friedricha Falckého. Roku 1620 pak, během jednáních o míru, byl sice Jiří vsazen do vězení jako „podezřelý“, nakonec však byl propuštěn, stanul na výsluní císařovy přízně, byly mu vráceny jeho statky a jako závdavek získal i majetek některých potrestaných rebelů. Není divu, že Jiří nakonec také konvertoval ke katolické víře. Během třicetileté války, která v první polovině 17. století zachvátila Evropu, byl zdejší kraj sužován průchody vojsk, která drancovala a plenila bez ohledu na to, na které straně stála. Válka měla pro zdejší obyvatelstvo katastrofální důsledky, ze kterých se vzpamatovávalo několik desetiletí. Další ranou pro Horní Kounice byl ničivý požár, který zde vypukl roku 1660.
        Po Jiřím Březnickém z Náchoda zdědil Horní Kounice syn Ferdinand Leopold. Ten zemřel bez potomků, zemské orgány proto po jeho smrti prodaly městečko dne 28. dubna roku 1668 Matyáši von Wunschwitzovi. V roce 1671 byl dokončen soupis majetku městečka, ze kterého se dozvídáme o počtu zdejších gruntů. Bylo zde tedy 5 celolánů, 10 půllánů, dva čtvrtlány a tři domky s poli. Jako nově zpustlý tu byl uveden jeden jedenapůllán, čtyři celolány, osm půllánů, jeden čtvrtlán a čtyři domky s poli. Staré zpustlé ani nově osedlé gruty v městečku nebyly. K Horním Kounicím byly po třicetileté válce přifařeny také Medlice a Čermákovice. Jak je ze soupisu patrné, byla v Horních Kounicích celá řada zpustlých stavení. Ta měl na svědomí mimo jiného také zmiňovaný požár z roku 1660.
        Matyáš Wunschwitz městečko roku 1672 prodal za 24 900 zlatých Janu Arnoštu de Montrochier. Ten pak majetek již po třech letech prodal Janu Zikmundu Kořenskému z Terešova za 17 000 zlatých a smaragdy posázený náramek. Horní Kounice však měnily své majitele i nadále. Janův syn majetek prodal roku 1686 Janu Rudolfu Schönwitzovi rytíři z Ungerswerthu a Adlerslöwenu, od něj vše roku 1693 přešlo do rukou císařského rady a přísedícího zemského soudu Maxmiliána Arnošta svobodného pána Jankovského z Vlašimě. Ten Horní Kounice spojil se statkem Skalice, kde městečko zůstalo až do roku 1736. V průběhu druhé poloviny 17. století byla ke zdejšímu kostelu sv. Michala přistavěna zaklenutá sakristie obdélného půdorysu.
        Po Maxmiliánově smrti majetek zdědila jeho dcera Marie Johanna, podruhé provdaná za hraběte Ludvíka Richarda Carvianiho. Podle záznamů z druhé poloviny 18. století byly roboty v Horních Kounicích v této době ve srovnání s jinými panstvími vcelku mírné. Láníci robotovali s párem koní 4 dny týdně, půlláníci 2 dny s párem koní a jeden den pěší osobou, čtvrtláníci byli povinni čtyřmi dny pěší roboty a domkaři jedním dnem. V městečku tehdy žilo celkem 12 celoláníků, 16 půlláníků, 10 čtvrtláníků a 13 domkařů bez polí. Roku 1755 panství přešlo na hraběte Jindřicha Josefa Dauna Maxmiliána. V rukou tohoto rodu pak hornokounický statek zůstal až do počátku 20. století.
        V letech 1785 – 1790 prošel místní kostel velkými změnami - byl nově zaklenut a od základu byla postavena jeho nová věž, na kterou byly následně vyzdviženy dva zvony. Roku 1798 pak byly dokončeny rekonstrukční práce na farní budově. V roce 1789 v městečku působila  jednotřídní škola. K roku 1795 žilo v Kounicích celkem 346 obyvatel. Z roku 1831 pochází smutný záznam, podle kterého městečko postihla cholera. O obětech nemoci svědčí fakt, že po vypuknutí epidemie byl rozšířen zdejší hřbitov. Z první poloviny 19. století však pochází i radostnější zprávy – roku 1845 císař Ferdinand V. Horním Kounicím udělil právo čtyř výročních trhů.
        Rok 1848 přinesl patent o zrušení poddanství. Obyvatelstvo se pak mohlo vykoupit z robotních povinností. Roku 1851 byla v Horních Kounicích vystavěna nová školní budova, která pak byla v roce 1895 rozšířena na dvojtřídní. Školní budova k tomuto účelu musela být přestavěna, přibyla zde nová učebna s kabinetem a bytem pro učitele. V závěru 19. století se v městečku, stejně jako v celé zemi, začal značně rozvíjet společenský a kulturní život. Jako první tu byl roku 1888/1889 založen Sbor dobrovolných hasičů. Po něm roku 1907 vznikl Spořitelní a záložní spolek (tzv. Raiffeisinka).
        V roce 1905 byl hornokounický velkostatek prodán velkostatkáři z Tavíkovic Robertu Goldschmidtovi. Na něj také přešel patronát místní fary. Roku 1906 byly do zdejšího kostela pořízeny nové varhany za 2200 korun. Rozvoj městečka přerušil v roce 1914 příchod první světové války. První vlna mobilizace odvedla z Horních Kounic na frontu asi 30 mužů, z Medlic to bylo 20 a z Čermákovic 12 mužů. Celkem pak bylo do boje povoláno 122 mužů, z nichž se více než 20 domů již nevrátilo.. Pět zdejších mužů také bojovalo v Československých legiích. Ztráty na životech byly tím nejhorším, co válka Horním Kounicím přinesla. Vedle nich však lidé trpěli také velkým nedostatkem a bídou. Lidé museli pro potřeby armády odvádět nejrůznější předměty a naturálie, v roce 1917 tak byly zrekvírovány např. tři zdejší zvony. Mír, na který všichni úpěnlivě čekali, přinesl až rok 1918.
        Ještě před skončením války na jaře roku 1918 prodal velkostatkář Robert Goldschmidt část velkostatku Moravské agrární bance, od níž tento majetek zakoupil ještě téhož roku Josef Kobsinek. Zpráva o vzniku samostatného Československa dorazila do Horních Kounic s určitým zpožděním, lidé jej tak oslavili až 3. listopadu. V prvních volbách do obecního zastupitelstva obce, které se konaly v roce 1919, zvítězila Československá strana lidová. Podle sčítání lidu v roce 1920 žilo v městečku 509 obyvatel, z toho 507 Čechů, jeden Němec a jeden Polák. Domů zde podle záznamu bylo celkem 95. K roku 1922 se v Horních Kounicích chovalo 47 koní, 140 krav, 62 telat, 158 kusů vepřového dobytka a 66 koz. Dále je v obci evidováno 46 husí, 8 kachen, 602 slepic, 74 holubů, 12 králíků, 10 úlů včel, 64 psů a 93 koček. V této době v městečku vykonávali svou živnost dva obchodníci, dva hostinští, dva kováři, dva koláři, stolař, sedlář, obuvník, mlynář, dva krejčí, švadlena, pekař, šest tesařů, tři zedníci a jeden trafikant.
        Poté, co se Horní Kounice vzpamatovaly z válečných útrap, mohl začít jejich opětovný rozvoj. V roce 1923 bylo zahájeno dlouho plánované odvodňování pozemků v obci. V příštím roce pak byla část zdejších polností rozdělena v rámci pozemkové reformy 39 zájemcům. Kostel v roce 1924 získal díky veřejné sbírce dva nové zvony. V roce 1927 byla zahájena elektrifikace městečka. O rok později pak byla dokončena výstavba silnice do Medlic. U příležitosti 10. výročí vzniku čs. republiky byl v Horních Kounicích odhalen pomník padlým v první světové válce. K roku 1930 v obci žilo celkem 491 obyvatel v 96 domech. Dalších 10 stavení je zde uváděno jako neobydlených. Rok 1937 obci přinesl další technický pokrok – byla zde zřízena telefonní hovorna a telegrafní stanice.
        Rok 1938 se nesl ve znamení velkého napětí. Kvůli hrozící válce s nacistickým Německem proběhla mobilizace, ve které do služby nastoupilo 33 zdejších mužů. Dalších 20 osob se zúčastnilo kopání příkopů a stavění drátěných zátarasů. Po mnichovském diktátu se však odpor nepříteli stal marným a pohraniční oblasti byly připojeny k Hitlerově říši. Horní Kounice se přitom také ocitly v pohraničí, pouhých 8 kilometrů od státní hranice.
        Dne 16. března roku 1939 byl výnosem Adolfa Hitlera zřízen protektorát Čechy a Morava. Na okrajích obce se pak objevily dvojjazyčné, německo – české orientační tabule. Následující léta druhé světové války byla těžkým obdobím, kdy všude panoval strach a napětí. Několik místních obyvatel bylo zatčeno gestapem. Nutno podotknout, že i přes nacistický útlak byli zdejší občané odvážní a nebáli se podporovat partyzány, do jejichž řad se zapojilo i několik místních mužů. Dva z nich, František Pergr a Jan Fehnrych, přitom při srážce s německými vojáky padli. V závěru války se v opuštěném Spáleném mlýně objevil asi třicetičlenný partyzánský oddíl. Přitom došlo k tragédii, když jeden z partyzánů v panice zastřelil zdejšího německého občana, který v rukou držel pušku.
        V závěru roku 1942 došlo k zabrání usedlostí, které byly částečně nebo zcela v nájmu, aby mohly být přiděleny německým uprchlým rodinám z Besarábie. Ve stejném roce byl opět zrekvírován jeden z místních zvonů. Někteří ze zdejších mladých mužů byli odesláni na nucené práce do Německa. Třem z nich se však podařilo utéci a jejich rodiny je pak až do konce války skrývaly. Na sklonku války před blížící se frontou uprchly německé rodiny, zdejší muži pak museli kopat u silnic zákopy a stavět protitankové zátarasy. Dne 7. května 1945 ráno se nad městečkem objevila ruská letadla, která zahájila palbu na prchající německé vojáky. Následkem střelby a svržených zápalných pum v obci vyhořely dva obytné domy, dvě stodoly a několik kolen, rozbito bylo také několik střech a oken. V noci na 8. května pak obcí rachotily ustupující německé tanky. Příštího rána pak byl zasažen další dům ruskou bombou. Ta vážně zranila starou paní Illkovou, která svým zraněním nakonec podlehla. Obyvatelé městečka se proto raději schovávali v lesních úkrytech. Osvobození obce přišlo v odpoledních hodinách 8. května 1945, když sem dorazily jednotky Rudé armády.
Po válce byl zkonfiskován majetek německých přisluhovačů. Několik zdejších rodin se přestěhovalo do pohraničí, aby dosídlily stavení odsunutých Němců. V roce 1949 v obci vzniklo spotřební družstvo Včela. K roku 1950 jsou zde uváděny dva nákladní automobily, šest osobních aut a devět motocyklů. V roce 1951 bylo v Horních Kounicích založeno JZD, většina zemědělců však vstup do družstva odmítla. V této době došlo ke zlepšení spojení s Moravským Krumlovem – autobus tam začal jezdit dvakrát denně. Od roku 1957 došlo ke dvěma vlnám vstupů zdejších zemědělců do JZD. Pro družstvo pak byla postavena společná konírna, kravín a vepříny.
        V roce 1961 obec postihla veliká bouře, voda zde tehdy pobořila řadu zdí, údajně tu napadlo několik vagónů krup. Přírodní živel si bohužel vyžádal i lidskou oběť – tou byl zdejší osmiletý chlapec, který se utopil v ledové vodě. V roce 1962 zahájilo místní JZD výstavbu nového kravína. V roce 1964 pak proběhly regulační práce na zdejším potoce. Jako zajímavost ze z dochovaných záznamů dočítáme, že k roku 1965 bylo v Horní Kounici 45 televizorů. Po obsazení Československa armádami Varšavské smlouvy městečkem projelo několik aut okupantů, jinak se obsazení republiky Horní Kounice přímo nedotklo.
        V roce 1970 došlo k úpravě náměstí. V červnu tohoto roku byly také ulity nové zvony, které měly nahradit zvony zabavené za druhé světové války. V roce 1972 byla zbourána budova nad školou a na jejím místě vznikla nová požární zbrojnice. V říjnu roku 1972 byly Horní Kounice vyhodnoceny jako nejlepší obec na okrese Znojmo. V roce 1973 zde byla dokončena výstavba kulturního zařízení. Na konci tohoto roku byla v městečku založena organizace Socialistického svazu mládeže. Rovněž byla svolána ustavující schůze tělovýchovné jednoty Družstevník. Poté se začalo s úpravou hřiště pro kopanou. V roce 1974 došlo ke sloučení zemědělských družstev z Horních Kounic a Čermákovic. K dalšímu slučování družstev došlo v roce 1976, kdy se vedle zmíněných JZD sloučila ještě také družstva Medlice, Tavíkovice, Přeskače a Dobronice. Dne 24. května 1976 Horní Kounice převzala titul Obec 30. výročí osvobození Československou Sovětskou armádou. V září téhož roku se pak nařízením z vyšších míst Horní Kounice sloučily s Čermákovicemi.
        Po revoluci se již volilo do opět samostatného zastupitelstva Horních Kounic. Podle sčítání lidu zde žilo k roku 1991 celkem 313 obyvatel. Na konci dubna roku 1991 byla zahájena oprava zdejšího kostela. V obci se začalo rozvíjet soukromé podnikání. V bývalé Kobsinkově vile je pro zdejší občany k dispozici dvakrát týdně lékařská ordinace, hlavním úkolem obce do budoucna je dokončení vodovodu. Horní Kounice je dnes poklidně žijícím městečkem, které se může pochlubit skutečně bohatou historií.